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  1.  
  2. #!/usr/bin/env python
  3. #encoding=utf-8
  5. import abifpy
  6. from Bio.Seq import Seq
  7. from Bio.SeqRecord import SeqRecord
  8. #from Bio.Emboss.Applications import NeedleCommandline #nao consegui fazer esse modulo funcionar
  9. import os #uso a funcao listdir
  10. from Bio import SeqIO
  11. import subprocess #para chamar outros subprocessos como needle, finchtv
  12. import shlex #shlex.split é útil para determinar os argumentos dos subprocessos no bash
  13. import glob #para processamento em lote
  16. def acessa_ab1(arquivo,trim=True): #generalizar depois
  17. """acessa um arquivo ab1 e retorna um objeto SeqRecord
  18. arquivo --> string com o caminho absoluto para o arquivo"""
  20. dado = abifpy.Trace(arquivo)
  21. if trim:
  22. cortado = Seq(dado.trim(dado.seq(ambig=True)))
  23. return SeqRecord(cortado, id=arquivo, name=dado.meta['sample']+'_'+dado.meta['well'], description='dado cortado')
  24. else:
  25. return dado.seqrecord()
  27. def abre_ref(arquivo):
  28. """acessa um arquivo contendo uma sequencia de referencia
  29. retorna um objeto SeqRecord"""
  30. with open(arquivo, 'rUb') as dado:
  31. referencia = SeqIO.read(dado, 'genbank')
  32. return referencia
  34. def salva_fasta(diretorio, obj_SeqRecord):
  35. """Pega um objeto SeqRecord e cria um fasta com a sua sequencia"""
  37. SeqIO.write(obj_SeqRecord, diretorio + obj_SeqRecord.name + '.fasta','fasta')
  39. def processar_lote(diretorio, ref):
  40. """abre os arquivos ab1 de uma pasta, apara, salva em fasta, faz o alinhamento com
  41. o fasta de referencia e salva o alinhamento em um arquivo para analise
  42. posterior.
  43. diretorio --> uma string representando o caminho da pasta contendo os arquivos
  44. ref --> uma string representando o caminho absoluto + genbank com a
  45. sequencia de referencia.
  46. """
  48. referencia = abre_ref(ref)
  49. referencia.id = 'sequencia de referencia'
  50. referencia.name = 'referencia'
  51. pasta = '/home/mercutio22/Dropbox/My_scripts/Fabi/resultados/'
  52. salva_fasta(pasta, referencia)
  53. ab1files = glob.iglob(diretorio + '*.ab1')
  54. for file in ab1files:
  55. dado = acessa_ab1(file)
  56. salva_fasta(pasta, dado)
  57. needle_cline = '/usr/bin/needle -asequence '+ pasta +'referencia.fasta\
  58. -bsequence '+ pasta + dado.name + '.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 -outfile\
  59. ' + pasta + dado.name + '_aligned.txt'
  60. print needle_cline
  61. alinhar = shlex.split(needle_cline)
  62. print alinhar
  63. needle_run = subprocess.call(needle_cline)
  66. pasta = '/home/mercutio22/Dropbox/My_scripts/Fabi/vs/Seq_placa273_analisada/'
  67. referencia = '/home/mercutio22/Dropbox/My_scripts/Fabi/vs/Seq_placa273_analisada/BRCA1 (total) - Frag 3450.gb'
  68. processar_lote(pasta, referencia)
  69.  
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